1992 Yılında Bakırköy İlçesinden ayrılarak kurulan Bağcılar İlçesinde müftülük hizmetleri geçici olarak Bağcılar Merkez Kur'an Kursu binasının giriş katında başlamıştır. Mevcut yerin ihtiyaca cevap vermemesi üzerine 1995 yılında Kirazlı Yeni Mahallede bulunan Türkiye Diyanet Vakfına ait 400 m2 arsa üzerine Müftülük Hizmet Binası inşaatına başlanmış ve bina 1998 yılında tamamlanarak Bağcılar Müftülüğü aynı yıl yeni binasına taşınmıştır.  

5 katlı Müftülük Hizmet binasının giriş katında 3 dükkan, 1.nci katı toplantı salonu ve kalem, (bürolar) 2.nci katı Müftülük Makamı, Vaizler Odası, Murakıp Odası, Çay Ocağı, 3. 4. ve 5.nci katlarında bulunan 13 daire Müftülük Personeli lojmanı olarak kullanılmaktadır.

Müftülüğümüze bağlı 60 adedi kadrolu ve 2 adedi kadrosuz olmak üzere 62 cami, 20 mescit, 12 yatılı ve 12 gündüzlü olmak üzere 24 Kur'an kursu bulunmaktadır.

Bağcılar Müftülük Personeli; 1 Müftü, 2 Vaiz, 1 Stajyer Vaiz, 1 Murakıp, 1 Şef, 1 Veri Hazırlama ve Kontrol İsletmeni, 1 Daktilograf, 40 Kadrolu Kur'an Kursu Öğreticisi, 51 İmam-Hatip, 1 Vekil İmam-Hatip, 18 Müezzin-Kayyım, 39 Sözleşmeli Kur’an Kursu Öğreticisi, 1 Şoför ve 4 Hizmetli olmak üzere toplam 162 personel ile Müftülük hizmetleri sürdürülmektedir.